Aan het drukbevaren Noordzeekanaal liggen twee van de grootste havens van Nederland: die van IJmuiden en Amsterdam.
De Haven van IJmuiden is na Rotterdam en Amsterdam de grootste van Nederland. Het enorme complex bestaat uit vier havens: de Vissershaven (lettercode van de schepen IJM) met een visafslag, de haringhaven, de IJmondhaven en Seaport Marina IJmuiden. De laatstgenoemde is een jachthaven voor zeewaardige recreatieve vaartuigen. Via het indrukwekkende sluizencomplex van IJmuiden kunnen schepen het Noordzeekanaal en de Haven van Amsterdam bereiken.
De Haven van Amsterdam is – gemeten naar overslag – de tweede haven van Nederland en de vierde van Europa. De oudste haven van Amsterdam lag aan de monding van de Amstel in het IJ. Via de Zuiderzee was de haven verbonden met de Noordzee, maar door verzanding was een nieuwe verbinding nodig: hiervoor werd eerst het Noordhollandsch kanaal gegraven, maar pas na aanleg van het Noordzeekanaal kwam de haven volledig tot bloei.
